Program Studi Magister (S2) Ilmu Komputer diselenggarakan di Fakultas MIPA, Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta, yang beralamat di Sekip Utara, Bulaksumur, Yogyakarta. Program Studi S2 Ilmu Komputer merupakan jenjang pendidikan berorientasi akademik, dan lulusannya mendapatkan gelar M.Kom (Magister Komputer), sesuai dengan SK Dirjen DIKTI No. 259/DIKTI/Kep/1999 tertanggal 27 Mei 1999 tentang pendirian Program Studi S2 Ilmu Komputer, Universitas Gadjah Mada. Pada awalnya, tahun 1997 program studi ini merupakan salah satu minat dalam Program Studi S2 Matematika, Jurusan Matematika, Fakultas MIPA, Universitas Gadjah Mada. Mengingat perkembangan teknologi informasi, serta meningkatnya kebutuhan masyarakat akan sumber daya manusia yang mempunyai kemampuan dalam membangun, menangani, dan merekayasa sistem dan teknologi informasi, maka dirasakan perlu untuk mengembangkan Program Studi S2 Ilmu Komputer yang terpisah dari Program Studi S2 Matematika mulai tahun 1999. Program Studi ini didukung oleh tenaga pengajar di Kelompok Bidang Keahlian Ilmu Komputer, dan Kelompok Bidang Keahlian Elektronika dan Instrumentasi, yang semuanya di bawah Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, UGM. Sedangkan mulai tahun Akademik 2002/2003 Program S2 Ilmu Komputer membuka 4 (empat) program peminatan:
- Ilmu Komputer
- Sistem Cerdas Terapan
- Sains Komputasional
- Manajemen Informasi
Mulai Tahun Akademik 2008/2009 untuk wisuda periode Juli 2008, Lulusan Program Magister Ilmu Komputer akan mendapatkan gelar M.Cs (Master of Computer Science) sesuai dengan SK Rektor UGM .No. 292/P/SK/HT/2008 pada tanggal 2 Juni 2008 tentang “GELAR DAN SEBUTAN LULUSAN PROGRAM PASCASARJANA (S2) UNIVERSITAS GADJAH MADA”